小美是一个年幼的女孩，她与父亲秀力．史诺顿博士住在一处名叫“绿色原野”的地方，这是一片可以使人心境安宁的大草原。某天，秀力博士因为发现未知图腾的木刻板而失踪，留下小美孤单一人生活在大宅内。由助手帮忙带回的木刻板上记载了许多类似英文字母的图腾（未知图腾苏醒前），感到无限孤独的小美便顺手排出了如右图的文字：爸爸、妈妈、我（PAPA、MAMA、ME）。
而不知名的神奇宝贝“未知图腾”就因此来到这世界上。由于“未知图腾”的力量，小美所居住的大房子渐渐被结晶所包围而形成了结晶塔。“未知图腾”为小美建造结晶塔，是为了帮助小美忘却父母不见后的孤寂，但却加深小美深陷在完美的幻象世界里，渐渐的她的心逐渐化为结晶，整座塔也被水晶所覆盖。
接着，结晶继续向外扩散，开始吞噬一切。而因为小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便将小智的妈妈抓进结晶塔充当小美的妈妈，使得小智无法置身事外。小智必须设法解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。但是小美已经被扭曲的幻象迷惑，认定谁都不能抢走她的幸福，而厚重的心防则带来小智一行人重重难关！
好短啊，看长度还以为是cd1；这小孩真妖孽；假炎帝在自己的世界里都不能秒杀喷火龙，弱爆了；神秘图腾创造出的幻想竟然背叛了它们；火箭队难得一件坏事都没做啊
炎帝当年还是很火的
3.炎帝VS水君VS喷火龙？「谁也不知道的结晶化世界」。其实有些许淡忘了：48.5亿日元。→ 日本收入48亿5000万日元，2000年日本电影第一名；美国收入1705万美元。—— 原来那段很熟悉的“神奇宝贝对决开场戏”是在这部剧场版里的哦！想当年看光碟这段应该有看过好几遍呢！和小朋友们重温找回了不少回忆！
未知图腾的辐射力量，具象化了小米寂寞的内心世界，为少女造了一个梦，脆弱封闭的心灵上开出闭合的结晶花朵。然而梦终究会醒来，人愿意走出封闭的内心就不会感到孤独。
