1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……
18部以来观感前三没问题，出镜率一二名的难兄难弟终于有了一次点明身世再酣畅搞基的机会，人造人一角简直快银始祖，大日本二十二世纪国土最大竟然还被惦记靠怪兽战逆转未来，反正这部新潮带自嘲，满意，本集作战对手：基多拉。
本片的槽点无疑是翻来覆去，听未来人一说哥斯拉要毁掉日本，便将哥斯拉原体，一只恐龙雪藏，结果可爱的三只多拉多进化成了恐怖的基多拉，破坏力更甚，于是让恐龙核变为哥斯拉，对付完基多拉发现哥斯拉又成了麻烦，于是又去请基多拉，不累吗？
没想到这一部竟然是个乱炖，不过好在终于有些新鲜的东西了。剧情都懒得吐槽了，就想说一点点，首先你上集的超能少女再加入结果一点超能力不用，这个角色还有啥意义。还有一群人回到40年代，看了一部电影，出去走走就回去了，那干嘛还要带三个92年的人去呢，他们不觉得他们自己其实去不去都一样吗？还有这一部SuperX3竟然缺席了！怎么，政府不造了吗？还有究极意淫就是外国人在没有日本人在场的情况下，聊天还用日文，为...
这部着实有点催眠。基本就是好几部好莱坞电影的缝合怪，哥总前身是恐龙估计就是从《侏罗纪公园》抄来的，甚至还有一个斯皮尔伯格的小兵角色；时光机应该是抄的《回到未来》；人造人就是《异形》了。时间旅行理论站不住脚。基多拉还是个脆皮，机械基多拉确实有点意思。
