故事起源于1291年艾可地区(Acre)的圣耶路撒冷(Holy Land)。这一年,伊斯兰领袖苏丹亲率大军攻伐拉丁王国(LatinKingdom,由东征的十字军于1100年建立),拉丁王国陷落,城市也随之土崩瓦解。激战中,来自法国Carmaux的年轻骑士Martin奉圣殿骑士团最高领袖的命令,带着自己的老师Aimard和一个神秘的箱子,偷偷乘一叶扁舟逃入大海。但是这艘小船没能抵挡住大海的狂暴,从此杳无音讯。
故事很快跳转到现代都市纽约。大都会博物馆正在为 "梵蒂冈珍宝展"举办一场热闹的揭幕晚会,突然有四个人骑马冲进大厅。他们清一色圣殿骑士的穿着打扮,还戴着面具,人们顿时惊慌失措、乱作一团。正在现场的Tess观察到一个细节--当为首的骑士神秘消失在纽约中央公园时,手里紧紧攥着一个刚刚从博物馆抢来的奇怪装置。
不久之后,这些 "骑士"的尸体被人发现,那个装置则不知下落。很显然,这东西相当重要,FBI于是派精锐特工Daley协助Tess调查此案。他们发现,十字军骑士团中隐藏着一段不为人知的黑暗历史,那个叫Martin的骑士是最后一名幸存的圣殿骑士,他离开圣城时带着一项绝密任务。为了弄清真相,两人穿越曼哈顿的墓地和下水道,跨越美欧亚大陆,闯进荒凉的土耳其高原……地中海上,他们乘坐的船只遭遇暴风袭击,被迫流落到一个荒无人烟的希腊小岛。他们离梵蒂冈秘密的中心越来越近,但是危险也随之而来……